En marzo de 2000 EL AL celebra los vuelos inaugurales de su primer avión Boeing 777. Además de las innovaciones tecnológicas, EL AL también experimentó cambios significativos en esos años. En 2003 se registró en la Bolsa de Valores de Tel Aviv como parte de su proceso de privatización. Un año después, en junio de 2004, la empresa dejó de ser empresa pública, después de la compra de acciones por parte del público y de la realización de opciones sobre acciones. Las participaciones gubernamentales en la empresa descendieron por debajo del 50 por ciento.
En enero de 2005 el control de EL AL se trasladó a manos privadas, ya que el Grupo Holding Knafaim-Arkia tomó posesión del 40 por ciento de su capital social. La decisión de los accionistas dio lugar a profundos cambios en la dirección. Dos meses después, el CEO de EL AL, Amos Shapira, dimitió y fue sustituido por Haim Romano, quien inició un cambio en la estructura organizativa de la empresa.
En septiembre de 2005 se introdujo el programa estratégico EL AL 2010, estableciendo la dirección de la compañía para los próximos cinco años. Los objetivos principales del programa incluyen una mejora significativa en los resultados comerciales en 2010, así como una serie de objetivos que incluyen mejorar la experiencia del pasajero, fomentar la excelencia operativa, la innovación y el emprendimiento comercial, comprar nuevos equipos, mejorar el transporte y el mantenimiento e impulsar los recursos humanos.
La Segunda Guerra del Líbano en julio de 2006 afectó significativamente al movimiento de pasajeros hacia y desde Israel. Durante ese año EL AL siguió aplicando el programa EL AL 2010, adaptándolo a la seguridad, la evolución política y económica en Israel, incluyendo un aumento continuo de los precios de combustible para aviones y un aumento de la competencia.
Un año más tarde EL AL completó la compra de dos aviones Boeing 777-200 que fueron equipados con los asientos y los sistemas de entretenimiento más avanzados de su clase. La aerolínea también ha firmado acuerdos de arrendamiento de otros aviones. En 2008 la compañía alquiló un avión Boeing 747-400 y dos 737-800, y firmó un acuerdo para la compra de cuatro nuevos aviones 777-200 de Boeing. En 2007 la aerolínea distribuyó los primeros dividendos de su historia a los accionistas.